腐植酸能促進植物根系的生長。增強根系活力，并促進分蘗數量和次生根的增加、延長。
提高種子的發芽率。施用腐植酸，可加速種籽發芽，提高出苗率，在早春、低溫下尤為顯著(一般可提早1-3天發芽，出苗率提高10%-30%)。
提高作物的抗旱性。腐植酸的施用，能使植物葉片氣孔張開度減少，葉片蒸騰量降低，耗水量減少，植株體內的水分狀況得到改善，使葉片含水率提高。從而為分穗和成籽奠定了基礎，腐植酸的施用還能夠提高葉綠素的含量和光合作用的正常進行，對于物質的積累和千粒重的提高是非常重要的。
提高作物的抗寒性。施用腐植酸對南方的早春育秧和北方小麥的抗寒都有明顯效果。中國南方各地在早稻育秧，經常遇到低溫多雨天氣，往往發生死苗，爛苗現象，施用腐植酸后，地溫得到提高，秧苗素質普遍得到改善。西南農業大學在試驗時發現，中國北方大部分地區的冬小麥，由于經常出現倒春寒，麥苗普遍受到冬害，施用腐植酸，有效地提高了小麥的抗寒能力，不同程度地減輕了凍害。
有效提高作物中葉綠素的含量。腐植酸對提高植物葉綠素含量的效應非常明顯，不管用什么方式處理作物都能明顯提高作物葉綠素的含量，如小麥施用腐植酸肥料，其葉片衰老指數比對照組好一倍。
刺激作物的生理代謝及提高酶活性。腐植酸進入植物體內后，對植物起到刺激作用，主要表現在呼吸強度的增加、光合作用的增加、各種酶的活動增強，從而使果實提前著色成熟，取得高產、高值(經濟作物的應市性)。
對養分的緩釋增效作用
對氮肥的增效作用。腐植酸是天然的脲酶抑制劑，能減緩尿素的酶解，減少氨揮發； 腐植酸中的羧基、酚羥基等基團對銨態氮有絡合作用，吸附緩釋作用，可以減少氮流失，提高氮肥利用率。
對磷肥的增效作用。腐植酸能抑制土壤對磷的固定，提高磷在土壤中的移動距離，同時，延緩****磷向遲效、無效磷轉化的速度，并能活化土壤固定磷，提高土壤有效磷含量，提高磷肥利用率和肥效。
對鉀肥的增效作用。腐植酸有較強的陽離子交換量和吸附能力，其官能團可以吸收存儲鉀離子，使鉀肥緩慢分解，增加鉀的釋放量，提高****鉀的含量；活化土壤鉀素，提高鉀肥的利用率。
對微量元素的增效作用。腐植酸與難溶性微量元素可以發生螯合反應，生成溶解性好可被作物吸收的腐植酸微量元素螯合物，從而有利于根系和葉面吸收微量元素。
土壤環境保護功能
改良土壤環境條件。使用腐植酸，可改變土壤中含鹽過高、堿性過強、土粒高度分散、土壤結構性差的理化性狀，促進土壤團聚體的形成，使其成良好狀態，從而為植物根系生長發育創造良好的條件。
腐植酸能促進土壤團粒的形成。腐植酸中的羥基、羧基功能團易與土壤中的鈣離子發生凝固反應，再通過植物根系的生理作用就形成了土壤的團粒結構，從而使土壤的空隙度相對增大，通透性更好，有利于農作物吸收養分和正常生長。
利用腐植酸的酸性與鹽堿土中的堿性發生中和反應的原理可調節土壤的pH值，從而達到治理鹽堿的效果。腐植酸顏色深，有利于對太陽能的吸收，當腐植酸受到微生物的作用分解時再放出熱量，土壤中足夠的腐植酸能使地溫提高而充分起到抗春寒的作用。
防治土壤重金屬污染。腐植酸參與土壤中離子交換反應，把土壤中的重金屬離子吸附固定，防止它們進入生物循環；能穩定土壤結構，為土壤微生物活動提供基質和能源，從而間接地影響土壤中重金屬離子的活動能力。
腐植酸與土壤中的重金屬離子絡合反應，起到鈍化重金屬離子，防止重金屬離子大量進入植物體系的作用。
